حدوث اختلاف در باب صلاحیت و طرح آن در محکمه عالی باعث توقیف تحقیقات مقدماتی نمی شود ولی شروع به محاکمه و صدور حکم تا تسویه اختلاف به تعویض می‌افتد.(ماده ۲۰۳ قانون اصول محاکمات جزایی مصوب ۱۲۹۱/۵/۳۱خورشیدی)
رفع اختلاف ما بین محاکم و عدلیه نظامی با دیوان تمیز است که پس از خواستن توضیحات لازم از وزارت جنگ رسیدگی کرده حکم می دهد.(ماده ۲۰۴ قانون اصول محاکمات جزایی مصوب ۱۲۹۱/۵/۳۱خورشیدی)